陽明醫學系大二生化實驗最後一項作業,就是用資訊工具做分析。何謂生物資訊?整合生物學、計算機科學和資訊科學的跨領域學科。為何要用生物資訊?在1999年人類基因體計畫開始後,獲得大量DNA序列資訊,要如何找到有價值的部分,就仰賴生物資訊。因有大量資訊量,使用電腦來從事資訊的分類與區隔,而無法以人工方式一個個地去搜尋。
而在先前五次實驗內,我們已經利用PCR放大了ApoB的基因,而現在的工作就是想要探討ApoB的遺傳變異與冠狀動脈之間的相關性。利用RFLP實驗來觀察與病理特徵連結的SNP點突變位置。目前已知在第12669的位置有點突變,使GAA變成AAA,做出的蛋白質從Glutamate變成Lysine,較容易發生冠狀動脈疾病。這一個點突變稱為rs1042031。先前用兩對primers,分別針對在第26及第29個Exon上所設計。目前已知至少有720個SNPs和心血管疾病有關。
實驗三 人類白血球染色體DNA的分離與純化
èApoBgenetemplate獲得
實驗四 聚合酵素鏈鎖反應(PCR)
è以設計的引子夾出含有SNP的片段
實驗五 限制酵素切割片段多型性分析(RFLP)
è觀察正常序列及疾病相關序列的切割片段差異
如何利用生物資訊學來輔助實驗的設計呢?利用Ensembl此軟體搜尋Human gene ApoB的資訊,找出具有SNP的區段,再利用Primer3設計PCR Primer把區段夾出來後,用EMBOSS (REMAP,restrict)限制酵素切割位置分析。
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